Furono scavate nello scisto di Manhattan per creare un terreno di sepoltura per gli immigrati a cui era stata negata la sepoltura nei cimiteri protestanti, e rimangono le uniche catacombe attive di New York. Le pareti ospitano più di duecento anime, molte sepolte in cripte familiari contrassegnate da lapidi di marmo in sgretolamento e cancelli in ferro battuto della prima Repubblica.
Il tour delle catacombe di Manhattan è rimasto chiuso al pubblico per quasi due secoli. Una campagna di restauro lanciata nel 2017 ha stabilizzato i soffitti in mattoni a volta, riparato i danni causati dall'acqua e installato sistemi di climatizzazione per proteggere i sarcofagi in pietra calcarea. I visitatori oggi scendono una stretta scala in pietra in una rete di camere sotterranee illuminate solo da candele tenute in mano, la stessa illuminazione utilizzata dai becchini negli anni '20 dell'Ottocento. L'aria è fresca e immobile. Il silenzio è assoluto, eccetto per la voce della guida e il gocciolio occasionale di condensa dalle volte a crociera sopra la testa.
Tra coloro che sono sepolti qui vi sono Pierre Toussaint, filantropo nato ad Haiti e candidato alla santità i cui resti sono stati trasferiti alla Cattedrale di San Patrizio uptown nel 1990, e membri della famiglia Delmonico, il cui impero della ristorazione ha plasmato l'identità culinaria di New York. Il tour delle catacombe della chiesa di New York include anche la cripta della famiglia Peace, i cui discendenti detengono ancora l'atto di proprietà, e un ossario comune dove le ossa furono consolidate durante l'espansione del 1868. Le catacombe si estendono sotto il sagrato, la loro impronta traccia l'originale confine della proprietà quando questo angolo di NoLita era terreno agricolo di proprietà dell'Arcidiocesi.
La basilica stessa sopravvisse alle rivolte anticattoliche del 1836, durante le quali folle nativiste circondarono l'edificio e furono respinte solo dall'intervento della milizia cittadina. Un muro di mattoni sormontato da punte di ferro fu eretto l'anno seguente e circonda ancora oggi il sagrato. Le catacombe rimasero intatte durante le rivolte, nascoste sotto i ciottoli e dimenticate da tutti tranne che dai custodi dei registri parrocchiali. Oggi, il tour delle catacombe di New York a lume di candela è offerto quotidianamente, eccetto il martedì, con un massimo di quindici visitatori per tour per preservare l'integrità strutturale delle cripte. La quota di conservazione sostiene i lavori di restauro in corso e la manutenzione dei registri di sepoltura che risalgono a oltre due secoli fa.
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