Elles ont été creusées dans le schiste de Manhattan pour créer un lieu de sépulture pour les immigrants à qui l'inhumation dans les cimetières protestants avait été refusée, et elles demeurent les seules catacombes en activité à New York. Les murs abritent plus de deux cents âmes, beaucoup étant enterrées dans des caveaux familiaux marqués par des plaques de marbre effritées et des grilles en fer forgé du début de la République.
La visite des catacombes de Manhattan a été fermée au public pendant près de deux siècles. Une campagne de restauration lancée en 2017 a stabilisé les plafonds voûtés en briques, réparé les dégâts des eaux et installé des contrôles climatiques pour protéger les sarcophages en calcaire. Les visiteurs descendent désormais un étroit escalier en pierre vers un réseau de chambres souterraines éclairées uniquement par des bougies tenues à la main, le même éclairage utilisé par les fossoyeurs dans les années 1820. L'air y est frais et immobile. Le silence est absolu, hormis la voix du guide et le goutte-à-goutte occasionnel de condensation provenant des voûtes d'arêtes au-dessus.
Parmi les personnes enterrées ici figurent Pierre Toussaint, philanthrope né en Haïti et candidat à la sainteté dont les restes ont été transférés à la cathédrale St. Patrick en centre-ville en 1990, ainsi que des membres de la famille Delmonico, dont l'empire de la restauration a façonné l'identité culinaire de New York. La visite des catacombes de l'église de New York comprend également le caveau de la famille Peace, dont les descendants détiennent toujours le titre de propriété, et un ossuaire commun où les ossements ont été rassemblés lors de l'agrandissement de 1868. Les catacombes s'étendent sous le cimetière de l'église, leur empreinte suivant la limite de propriété d'origine lorsque ce coin de NoLita était une terre agricole appartenant à l'archidiocèse.
La basilique elle-même a survécu aux émeutes anti-catholiques de 1836, au cours desquelles des foules nativistes ont encerclé le bâtiment et n'ont été repoussées que par l'intervention de la milice de la ville. Un mur de briques surmonté de pointes en fer a été érigé l'année suivante et entoure toujours le cimetière. Les catacombes sont restées intactes pendant les émeutes, cachées sous les pavés et oubliées de tous, sauf des archivistes de la paroisse. Aujourd'hui, la visite des catacombes de New York à la bougie est proposée quotidiennement sauf le mardi, avec un maximum de quinze visiteurs par visite pour préserver l'intégrité structurelle des caveaux. Les frais de conservation soutiennent les travaux de restauration en cours et l'entretien des registres funéraires qui remontent à plus de deux siècles.
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